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PathSeek-MAS-source

Name: PathSeek-MAS-source
Creator: qklee
License: https://choosealicense.com/licenses/other/

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本数据集为 PathSeek-MAS 课题组内部使用的原始数据归档（含受控访问的整片 WSI 与第三方原始数据）。仅供项目内部成员使用，外部申请一律不予通过。

PathSeek-MAS-source — 原始数据归档（自用，受控访问）

⚠️ 本仓库为 PathSeek-MAS 课题内部使用的原始/源数据归档，已设为 gated（manual 审批）。 外部任何访问申请一律不通过。 内容包含整片 WSI（HE）、第三方论文的原始组学数据、以及我们处理后的标签。

标签语义（两队列一致）：**label==1 = 敏感(Sensitive)，label==0 = 耐药(Resistant)**。

目录结构

PTRC-HGSOC/                         # PTRC-HGSOC 队列（Chowdhury et al., npj Precision Oncology）
├── slides/*.svs                    # 348 张 HE 整片（原始来源见 ptrc_slide_urls.txt）
├── source/                         # 该论文原生组学数据（proteogenomics）
│   ├── FFPE_discovery_globalprotein_imputed.tsv        # 全蛋白组（imputed）
│   ├── FFPE_discovery_globalprotein_batchcorrected_before_imputation.tsv
│   ├── FFPE_discovery_phosphoprotein_*.tsv             # 磷酸化蛋白组
│   ├── FFPE_discovery_RNAseq.tsv / _CNV.tsv / _LOH.tsv # 转录组 / 拷贝数 / 杂合性缺失
│   ├── FFPE_validation_* / Frozen_*                    # 验证集 / 冰冻样本对应数据
│   └── ReadMe_PTRC_data.docx                           # 原数据自带说明
├── labels.csv / labels_extended.csv                    # 我们处理后的标签（slide_id, case_id, label）
└── ptrc_slide_urls.txt                                 # 348 张切片的公开下载地址（cancerimagingarchive）

TCGA-OV/                            # TCGA-OV 队列
├── slides/*.svs                    # 156 张 HE 整片（来源见 gdc_manifest_TCGA-OV.txt，可经 NCI GDC 下载）
├── source/
│   ├── HGSOC_TCGA_simple.csv       # CLAM 任务源表（slide/case/label 等）
│   ├── HGSOC_TCGA_main.csv         # 主表（含完整字段）
│   ├── HGSOC_TCGA_filtered.csv / _multimodal.csv
│   ├── mmc2_PlatinumStatus.xlsx    # 金标准铂状态（Zhang et al.）
│   ├── mmc3-2_proteomics.xlsx      # TCGA-OV 蛋白组
│   └── mmc5_proteomic_subtypes.xlsx# 蛋白组亚型
├── labels.csv                      # 我们处理后的标签
├── KM/                             # 生存(OS)与 KM / 1x4 分析
│   ├── labels_with_os_125.csv      # 风险分 + OS_event + OS_time（125 例）
│   ├── mmc1.xlsx                   # TCGA-CDR（Liu et al. 泛癌临床数据资源，OS 等终点源）
│   ├── CCR.txt                     # BRCA / HRD 状态表（425 例 TCGA）：BRCA-status、HRD-LOH、Telomeric.AI、LST、突变签名(SBS/DBS/ID)
│   ├── KM.R / fig_km_1x4.py        # 生存分析与作图代码
│   └── fig_km_1x4.png / .pdf
└── gdc_manifest_TCGA-OV.txt        # TCGA-OV 切片的 GDC 下载清单

说明 / 缺口

整片 WSI 均为公开数据：PTRC 来自 cancerimagingarchive（见 urls），TCGA-OV 来自 NCI GDC（见 manifest）。此处归档便于内部直接取用。
PTRC 原始临床表（PTRC-HGSOC_List_clincal_data.xlsx，含 Tumor response）当前未保留在本归档；耐药/敏感标签已固化进 labels.csv（映射 sensitive→1, refractory→0）。如需文本级核对，请取 Chowdhury 论文补充材料。
BRCA / HRD 相关：见 TCGA-OV/KM/CCR.txt（含 BRCA-status、HRD-LOH、突变签名等，425 例 TCGA）。fig6_b_brca 图即基于此表。
标签金标准与方向的完整溯源见课题记录：两队列 1=Sensitive / 0=Resistant，模型 prob=P(label==1)=P(敏感)。

配套仓库

派生特征（虚拟 mIF 的 gigatime_csv + UNI 形态学特征 + 标签）：qklee/PathSeek-MAS 分析代码：https://github.com/qklee/PathSeek-MAS

运行环境

本归档包含复现实验所用的完整 conda 环境，有两种恢复方式：

方式一：从 `environment.yml` 重建（推荐，需网络）

conda env create -f environment.yml -n hgsoc
conda activate hgsoc

记录了 conda + pip 全部精确版本，在同类 Linux/CUDA 平台下可复现。

方式二：从 `hgsoc_env.tar.gz` 直接解压（4.9 GB，免网络安装）

# 下载 hgsoc_env.tar.gz 后：
mkdir -p ~/miniconda3/envs/hgsoc
tar -xzf hgsoc_env.tar.gz -C ~/miniconda3/envs/hgsoc
conda activate hgsoc
conda-unpack          # 修复路径硬编码（必须执行一次）

解压即可用，适合无外网的集群节点。若 conda 安装路径不同，将 ~/miniconda3/envs/ 改为实际 envs/ 目录。

核心依赖版本

包	版本
Python	3.10.20
PyTorch	2.12.0 (CUDA 13)
torchvision	0.27.0
timm	1.0.27
openslide-python	1.4.3
huggingface_hub	1.15.0
scikit-learn	1.7.2
lifelines	0.30.0

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219 GB