wei82/sepsis-omics-datasets

脓毒症 (Sepsis) 公共组学与临床数据集合

冻结快照 · 2026-06-20 · 共 500 个数据集 · 7.4 GB · 全部带文件、信息卡与元数据

本仓库系统收集与脓毒症 / 败血症 / 脓毒性休克 / 菌血症 / 内毒素血症 / SIRS 相关的公开数据， 覆盖转录组、单细胞、空间转录组、蛋白质组、代谢组、外泌体、微生物组、表观（甲基化/染色质）以及 临床试验与药物数据。检索关键词：sepsis, septic shock, septicemia, septicaemia, bacteremia, endotoxemia, SIRS。

数据来源

数据库	数据集数
GEO	133
ClinicalTrials.gov	121
ArrayExpress/BioStudies	108
PRIDE/ProteomeXchange	75
Metabolomics Workbench	38
MetaboLights	25

数据类型

类型	数据集数
转录组	199
单细胞组	20
空间转录组	1
蛋白质组	76
代谢组	63
外泌体组	3
微生物组	5
表观组	12
临床与药物	121

目录结构

脓毒症/
├── README.md                # 本说明（数据卡）
├── registry.csv             # 全量登记表（500 行，权威清单）
├── registry.xlsx            # 同上 Excel 版
├── 转录组/<来源>_<登记号>/   # 例: 转录组/geo_GSE154918/
│     ├── card.md            # 信息卡（标题/物种/样本/年份/文件/分析建议）
│     ├── metadata.json      # 结构化元数据
│     └── <数据文件…>         # 处理矩阵 / 数据表 / 研究记录
├── 单细胞组/… 蛋白质组/… 代谢组/… 临床与药物/… 等

下载层级（registry 的「下载层级」列）

• 处理数据+元数据（326 个）：已镜像可直接分析的处理矩阵/数据表 + 元数据。
• 完整记录（121 个）：临床试验完整结构化 JSON（入组/干预药物/结局/分期）。
• 元数据+清单（53 个）：原始文件体积过大（如蛋白质组 .raw、大 h5ad），未整盘镜像， 但 card.md 内含逐文件直链 + 大小，可按需获取。

使用示例

from huggingface_hub import hf_hub_download, snapshot_download
# 取全量登记表
csv = hf_hub_download("wei82/sepsis-omics-datasets", "脓毒症/registry.csv", repo_type="dataset")
# 取单个数据集（如某转录组）
d = snapshot_download("wei82/sepsis-omics-datasets", repo_type="dataset",
                      allow_patterns="脓毒症/转录组/geo_GSE154918/*")

说明

• 物种以人、小鼠为主，并含大肠杆菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌等病原体；年份 1999–2027。
• 数据版权归各原始提交者，使用请遵循 GEO / ArrayExpress / PRIDE / MetaboLights / Metabolomics Workbench / ClinicalTrials.gov 各自的许可与引用要求；每个 card.md 均给出原始页面链接。
• 本快照已停止自动更新（采集循环已关闭）。